20世紀30年代后期，面臨德國法西斯的威脅，波蘭政府采取和英法結盟的政策，但對蘇聯則非常戒備。1938年，在德國肢解捷克斯洛伐克時，波蘭趁火打劫，占領了切欣地區。1939年8月，蘇德互不侵犯條約簽訂，在秘密議定書中規定了蘇德雙方在波蘭的勢力范圍。1939年9月1日，德國對波蘭發動閃電戰，英法對德宣戰，二戰爆發，但英法并未主動援助波蘭，而是消極觀戰。1939年9月中旬，波蘭敗局已定。于是，斯大林在1939年9月17日下令蘇聯紅軍以援助西烏克蘭和西白俄羅斯同胞免遭法西斯奴役的名義，出兵波蘭東部。腹背受敵的波蘭政府決定不對蘇聯宣戰，也不進行抵抗，20萬波軍被俘。
1939年10月，德國與蘇聯簽署了邊界條約，波蘭被再次瓜分。
1940年4月，斯大林為減少統治波蘭時遇到的反抗，下令在卡廷森林等地殺害了一萬多名波蘭軍官(蘇聯先是栽贓到納粹德國頭上，直到1990年才正式承認此事并道歉)。
6.華沙起義，蘇聯援助不力
1941年6月德國入侵蘇聯之后，蘇聯與波蘭流亡政府之間恢復了邦交，釋放了波蘭戰俘，在蘇聯領土上重建波蘭軍隊。1944年，蘇軍反攻接近華沙，既反德又反蘇的波蘭抵抗組織“國家軍”發動反德起義，蘇軍沒有全力支援起義，起義被德軍鎮壓。1945年初，蘇軍在付出數萬人犧牲的代價之后，解放了華沙。
在美英兩國的同意下，二戰后的蘇波邊界基本按照1939年的蘇德瓜分線劃分。波蘭在二戰后也逐步走上社會主義道路，加入蘇聯陣營。20世紀80年代初，波蘭團結工會舉行反政府活動，蘇聯政府威脅出兵鎮壓，迫使波蘭政府施行軍管。所有這些來自蘇聯的粗暴干涉，都被東歐劇變后的波蘭人視為恥辱，也給今天波蘭與俄羅斯的關系投下陰影。