1940年，中央研究院院長蔡元培去世。學林同悼之余，隨之而來的問題便是下一任院長的人選。還好，當時已經定下由中央研究院評議會先選舉院長候選人三位，再送請政府當局圈選其中一人任職的規則，只要依據規矩來，繼任蔡元培的人選，必然會順利產生。中研院是全國最高學術機關，它的院長，自然是學林領袖，具有高度的象征意義，誰來承繼斯職，并不是單純的學術人事，更不會只是一場“選舉”而已。果然，讓人好似無所逃于天地之間的政治魔手，就開始摩拳擦掌了。特別是當時黨國體制的首腦蔣介石，總是舞動著他的指揮棒，“一個口令，一個動作”，誰來當中研院院長，他當然意有所屬。幸好，評議會的組成分子都是學者讀書人，沒有誰愿意隨著蔣介石的指揮棒踏步起舞，反倒是本乎自由意識選出蔡元培的繼任者。政治力量“看不見的手”從來不放棄伸入學術界的動作；學界中人負隅強抗，即便不能一刀砍斷它，卻正是“獨立之精神”的充分展現。這段故事，就先從喜歡下手令“遙制”的蔣介石說起吧。

　　蔣介石是常常下手令給部屬要求“奉旨照辦”的政治領袖。現存可見的蔣介石手令，固然以軍事領域為大宗，在其他方面卻也不少，涵蓋范圍極廣，具體顯示了他個人的關懷所在。舉例而言，1945年7月，當蔣介石讀《中央日報》，就下了手令痛責《中央日報》的編輯社論與“小評”的水平“幼稚拙劣，雖中學生猶不如也”，要求迅速調換編輯和評論者。1942年，蔣介石以手令要求研究公務員的制服、制帽，甚至于連女學生的標準發型，他也派下手令要求研究。蔣介石的手令一發，往往讓各級軍政首長“疲于奔命”，只知道忙著應付他的手令，無暇處理一般正常業務。當然，“上有政策，下有對策”，有些軍政首長對于蔣介石的手令，硬是不理不睬或是陽奉陰違。對他們的“抗旨”，蔣介石也未必能夠奈何。（參見張瑞德:《遙制--蔣介石手令研究》）

　　既然蔣介石總是以手令“下條子”來發號施令，對于誰來繼任中央研究院院長，他的作風，一成不變。沒想到，蔣介石這回竟踢到鐵板了，評議會的評議員，沒有一個人理會他的手令、奉行無違。傅斯年在1940年8月14日寫給胡適的一封長信，清楚地透露了個中曲折。

　　傅斯年向胡適述說道，當蔡元培去世之后，學界中人對于誰來繼任斯職，諸方各有議論，各家自有主張。例如，有人說地質學家出身后來從政的翁文灝是合適的人選，卻同時也有反對者。不過，眾人矚望所及，“不謀而合”，都以當時正擔任駐美大使的胡適為最佳人選。如身為評議員的名史學家陳寅恪，便擬參加在重慶即將舉行的評議會，他是“素不管事之人，卻也熱心”，居然還“矢言重慶之行”，就是為了投胡適一票。當評議員陸續抵達重慶后，大家“憑空談到此事”，都說既然可以選出院長候選人三位，那么其中一票一定要投給胡適。傅斯年又與北京大學老同學也是1919年五四運動健將之一的段錫朋，以及擔任過北大法學院院長的法學家周炳琳談到選舉胡適的事，他們都說，“他選出來一定高興”，周炳琳還說，“有此honor在國外也好”。傅斯年更向胡適報告他和周炳琳談及此事的詳細情況:

　　我說:“你想，把適之先生選出一票來，如何？”他說:“適之先生最適宜，但能回來么？”我說:“他此時決不回來，此票成廢票。”他說:“這個demonstration是不可少的。”我又說:“那么，選舉出他一個來，有無妨害其在美之事？”他說:“政府決不至此，且有翁、朱、王等在內，自然輪不到他。”