為有效應對新冠病毒德爾塔變異株可能引起的疫情，進一步提升全員核酸檢測組織實施能力，國家衛健委組織專家結合前期工作實踐，對《全員新型冠狀病毒核酸檢測組織實施指南》進行修訂，形成了《全員新型冠狀病毒核酸檢測組織實施指南(第二版)》(可在國家衛生健康委網站“醫政醫管”欄目下載)。其中明確：
要積極應對新冠肺炎疫情，快速高效管控疫情，規范全員核酸檢測組織、采樣、檢測、報告等工作流程，統籌調配核酸檢測資源，提高核酸檢測質量。500萬人口以內的城市，應當在2天內完成全員核酸檢測任務，必要時可通過省(區、市)內統籌保障。500萬人口以上的城市，應當在3天內完成全員核酸檢測任務，必要時可申請全國支援。
有關核酸檢測策略：疫情前期，在風險來源不明的情況下應至少開展3輪全員核酸檢測；之后根據流調溯源情況、社區封控范圍、核酸檢測結果等綜合研判，確定后續的檢測范圍和頻次。原則上，隔離點和近3輪核酸檢測出現過病例的街道或社區每日一檢，14天內出現過病例但近3輪核酸檢測沒有出現病例的街道或社區隔日一檢，14天內未出現病例的地區可每5天一檢。
有關采樣方式：根據目標人群已采取的管控措施確定采樣方式，隔離點及其他重點人群應單采單檢，封閉小區(封閉到戶)1戶1管，其他地區根據實際情況采取5混1或10混1開展檢測。
有關核酸檢測實驗室儲備及保障：500萬人口以下的城市，應當儲備2處以上可供核酸檢測支援隊使用的實驗室或可改建的區域；500萬人口以上的城市，應當儲備5處以上可供核酸檢測支援隊使用的實驗室或可改建的區域。每個實驗室或可改建的區域應當至少可容納5支檢測隊(每支隊伍日檢測量按1萬管計算)，并儲備相關檢測設備、試劑和耗材。