雖然被認為是論文造假者可能遭遇的最嚴厲的懲罰制度，但教育部在7月16日公布的《關(guān)于對學(xué)位論文作假行為的暫行處理辦法（征求意見稿）》（以下簡稱《辦法》）仍被一些知名打假人士和教育問題觀察者認為存在問題，比如條款太抽象，規(guī)定太籠統(tǒng)，一些懲處措施缺乏可操作性等。
《辦法》未對抄襲、剽竊的概念作出界定
知名學(xué)術(shù)打假人方舟子告訴中國青年報記者，《辦法》不僅未對抄襲或剽竊的概念作出界定，而且也沒有分清抄襲（或剽竊）的多種不同情況，例如是觀點剽竊、數(shù)據(jù)抄襲還是文字抄襲，是整體抄襲、大部分抄襲、小部分抄襲還是個別地方抄襲，不同的情節(jié)應(yīng)予不同程度的處理，但這些都沒有具體規(guī)定。“這個處理辦法還只是很虛的原則性條條，不具有可操作性。”
21世紀教育研究院副院長熊丙奇 (微博)也認為，我們國家沒有學(xué)術(shù)共同體，評價標(biāo)準(zhǔn)也不一，對抄襲和剽竊的定義各行其是。過去的學(xué)術(shù)不端或?qū)W術(shù)腐敗問題難處理，就是因為相關(guān)規(guī)定原則性過強，可操作性差，即使社會上共同認定的抄襲、剽竊行為，當(dāng)事人也總會作出“過度引用”等詭辯逃避責(zé)任，從而導(dǎo)致對學(xué)術(shù)失范的“零容忍”變成了“零作為”。“要讓這個《辦法》有可操作性，必須要出臺實施細則，將一些概念作出界定，不能留下太大的自由裁量空間”。
復(fù)旦大學(xué)圖書館館長、教育部社會科學(xué)委員會學(xué)風(fēng)建設(shè)委員會副主任葛劍雄也認為，這個暫行處理辦法沒有對一些概念比如抄襲、剽竊等作出界定，肯定會在實際案例中引發(fā)爭議。“應(yīng)由主管部門（如教育部學(xué)位辦、各省市教委）根據(jù)實際情況制定細則。”
學(xué)生論文有問題該不該問責(zé)指導(dǎo)教師
《辦法》中的一些具體條款也引發(fā)了爭議。如第八條規(guī)定，“指導(dǎo)教師未盡到學(xué)術(shù)道德和學(xué)術(shù)規(guī)范教育、論文指導(dǎo)和審查把關(guān)等職責(zé)，其負責(zé)指導(dǎo)的學(xué)生學(xué)位論文存在購買、他人代寫或者抄襲、剽竊等作假情形的，學(xué)位授予單位視情節(jié)輕重，可暫停其招生、取消指導(dǎo)教師資格，并可給予處分直至解除聘任合同等處理”。
有聲音認為，學(xué)生出的問題不該由教師承擔(dān)。
方舟子認為，這一條里用了“可”，說得不明確。從理論上說，學(xué)生的論文出了問題，指導(dǎo)教師至少負有監(jiān)督、審查不嚴的責(zé)任，對教師給予一定的處罰并非不公。“特別是現(xiàn)在學(xué)生當(dāng)中之所以會出現(xiàn)大面積抄襲的情形，與指導(dǎo)教師不負責(zé)任、學(xué)校大量擴招有關(guān)，如果規(guī)定教師也要受處罰，讓教師更負責(zé)任，有助于遏制抄襲的泛濫。”
葛劍雄也認為，學(xué)生論文中出現(xiàn)此類問題，即使教師完全沒有直接責(zé)任，至少也說明他不適宜指導(dǎo)學(xué)生，所以暫停招生是合適的，并非不公平。
重新審查問題論文應(yīng)限定時間節(jié)點
《辦法》中第九條規(guī)定，“對已經(jīng)通過答辯的學(xué)位論文，發(fā)現(xiàn)存在購買、他人代寫或者抄襲、剽竊等作假情形的，該論文評閱人應(yīng)當(dāng)重新評閱，學(xué)位論文答辯委員會應(yīng)當(dāng)重新審查，并分別寫出評閱意見和審查報告，送交學(xué)位授予單位的學(xué)位評定委員會重新審議”。
有聲音認為，重新審查等沒有時間節(jié)點的規(guī)定，本來該有的調(diào)查有可能拖一拖就拖黃了。
這種狀況確曾出現(xiàn)過。比如，中國青年報曾揭露廣州體育學(xué)院原院長許永剛博士論文存在嚴重抄襲問題，當(dāng)事人許永剛已于2011年3月受到撤銷黨內(nèi)職務(wù)、行政撤職處分，調(diào)離廣州體育學(xué)院。
然而，今年4月，記者向許永剛的博士學(xué)位授予單位蘇州大學(xué)求證后發(fā)現(xiàn)，許永剛的博士學(xué)位仍未被撤銷，有關(guān)負責(zé)人的答復(fù)是“此事正在按有關(guān)規(guī)定處理”。
記者發(fā)現(xiàn)，蘇州大學(xué)2009年公布的《蘇州大學(xué)碩士、博士學(xué)位授予工作細則》雖規(guī)定：“對于已經(jīng)授予的學(xué)位，如確認學(xué)位錯授或發(fā)現(xiàn)有舞弊作偽等違反學(xué)位規(guī)定者，院(部、所、中心、室)學(xué)位評定分委員會和校學(xué)位評定委員會應(yīng)予復(fù)議，經(jīng)半數(shù)以上成員通過，校學(xué)位評定委員會可作出撤銷已授學(xué)位等有關(guān)決議。”但該細則也沒有作出時限上的規(guī)定。